Bentuk bangunan museum Gunung Merapi menyerupai gunung Merapi jika dilihat dari arah selatan. Salah satu atap bangunan museum berbentuk kerucut seperti puncak Merapi, dan pada bagian bangunan lainnya dibuat lebih datar. Ketika melihat bagian sisi luar museum, maka akan terlihat tulisan Museum Gunung Api Merapi, artinya Merapi Jendela Bumi. Maksud dari Jendela Bumi adalah sebagai penghubung perut bumi dengan udara luar atau atmosper. Bagian pertama museum adalah diorama gunung Merapi yang terpampang ketika memasuki pintu utama museum. Terdapat beberapa koleksi jenis batu, beberapa foto merapi dari beberapa sisi dan ruang Volcano Theatre di dalam museum jika ingin melihat film "Nafas Gunung Merapi" tahun 2010.